Милена Кръстанова работи в системата на НАП от 1999 г. През годините е заемала експертни и ръководни позиции в агенцията.

От 2007 г. Кръстанова е директор на дирекция „Обслужване“ в Териториалната дирекция на НАП София.

От 13 януари 2015 г. е зам.- изпълнителен директор на приходната агенция, предаде bTV.

Тя заема поста от Христо Марков, избраникът на миналото правителство да застане начело на Приходната агенция. Марков пък замести Румен Спецов, след като той бе избран за особен управител на "Лукойл" след тежките американски санкции върху руския петрол.